CUSHAW2-GPU: EMPOWERING CEPAT GAPPED SHORT-READ ALIGNMENT MENGGUNAKAN KOMPUTING GPU

Kami menghadirkan CUSHAW2-GPU untuk mempercepat algoritma CUSHAW2 menggunakan compute unified device architecture (CUDA)-enabled enabled GPUs. Dua teknik komputasi GPU yang penting, yaitu intertask hybrid CPU-GPU parallelism dan backtracking peta Smith-Waterman berbasis ubin menggunakan CUDA, diselidiki untuk memfasilitasi penyelarasan yang cepat. Dengan menyelaraskan bacaan simulasi dan bacaan nyata dengan genom manusia, penyelarasan kami menghasilkan kinerja yang sebanding atau lebih baik dibandingkan dengan BWA-SW, Bowtie2, dan GEM. Lebih lanjut, CUSHAW2-GPU dengan Tesla K20c GPU mencapai peningkatan signifikan atas CUSHAW2 multithreaded, BWA-SW, Bowtie2, dan GEM pada 12 core CPU high-end untuk penyelarasan ujung tunggal dan berpasangan.
unit pemrosesan grafis, genomik, bioinformatika, runtime, biologi komputasi, pemrosesan paralel, sistem pesan, perangkat keras, akselerator
https://ieeexplore.ieee.org/document/6617698/
Sains dan Teknologi


Dokumen yang berkaitan.

OPTIMASI KODE SIMULASI FUSION NUCLEAR PADA KLUSTER GPU
GT5D adalah program simulasi fusi nuklir yang bertujuan untuk menganalisis fenomena turbulensi dalam plasma tokamak. Dalam penelitian ini, kami mengoptimalkannya untuk cluster GPU dengan beberapa GPU pada sebuah node. Berdasarkan hasil profil GT5D pada simpul CPU, kami memutuskan untuk membongkar se.....
MELAYANI LEBIH BANYAK PEKERJAAN GPU, DENGAN Denda RENDAH, MENGGUNAKAN EKSEKUSI DAN MIGRASI REMOTE GPU
Eksekusi GPU jarak jauh telah terbukti meningkatkan hunian GPU dan mengurangi waktu tunggu pekerjaan dalam sistem multi-GPU batch-queue, dengan memungkinkan pekerjaan memanfaatkan GPU jarak jauh ketika tidak tersedia cukup GPU lokal kosong. Namun, untuk aplikasi intensif komunikasi GPU, overhead kom.....
METODE P-FFT ACCELERATED MULTI-GPU UNTUK PEMODELAN EFISIEN ANTENNAS YANG DIPERGUNAKAN DI KOMPLEKS DAN PLATFORM BESAR
Makalah ini menyajikan pemecah persamaan integral cepat multi-GPU yang dipercepat untuk pemodelan antena yang efisien yang dipasang pada platform yang kompleks dan besar. Sistem antena dengan konfigurasi kawat permukaan dicirikan menggunakan persamaan integral kawat permukaan (SWIE). SWIE diselesaik.....
GPUPD: ARSITEKTUR MULTI-GPU YANG CEPAT DAN MENINGKATKAN MENGGUNAKAN PROYEKSI DAN DISTRIBUSI KOPERASI
Vendor Unit Pemrosesan Grafik (GPU) telah menskala arsitektur singleGPU untuk memenuhi permintaan pengguna yang semakin meningkat untuk pemrosesan grafis yang lebih cepat. Namun, karena semakin sulit untuk skala arsitektur GPU-tunggal lebih lanjut, vendor bertujuan untuk mencapai kinerja yang diting.....
MENGINTEGRASIKANNYA KE DALAM KURIKULUM ILMU KESEHATAN SELATAN AFRIKA
Kami menjelaskan pengenalan kurikulum TI untuk mendukung kurikulum ilmu kesehatan baru yang diperkenalkan oleh Fakultas Ilmu Kesehatan di Universitas Cape Town (UCT). Dengan menggabungkan penelitian internasional dan lokal dengan kesadaran akan konteks Afrika Selatan, masalah infrastruktur, kebutuha.....
PERANGKAT LUNAK IBU UNTUK PERANGKAT KERAS GPU
Teknik Method of Moments (MoM) adalah tulang punggung dari semua metode komputasi untuk pemodelan dan simulasi sistem yang kompleks. Dengan aplikasi termasuk mekanika fluida, elektromagnetik, dan pemodelan fraktur, MoM serba guna dan telah meletakkan dasar untuk metode optimisasi modern. Pemodelan d.....
STERY-HAND: PERANGKAT BARU UNTUK MENDUKUNG Desinfeksi Tangan
Disinfeksi yang tidak lengkap dapat menyebabkan komplikasi serius dalam perawatan bedah. Pengajaran mencuci tangan yang efektif sangat penting dalam pelatihan medis modern. Untuk mendukung evaluasi objektif desinfeksi tangan, kami mengembangkan perangkat seluler yang ringkas, mengandalkan pencitraan.....
LAPISAN CONVMM GPU-ONLY UNIFIED UNTUK KLASSIFIER NEURAL
Konvolusi adalah tugas yang paling intensif secara komputasi dari Jaringan Neural Konvolusi (CNN). Ini menuntut daya komputasi dan penyimpanan memori dari unit pemrosesan. Ada berbagai pendekatan untuk menghitung solusi konvolusi. Dalam makalah ini, pendekatan konvolusi berbasis multiplikasi matriks.....
ANALISIS EFISIEN GPS ANTENA ONBOARD MOBIL DIRI DIRI DI LINGKUNGAN PRAKTIS DENGAN METODE MOM-PO YANG DIPERCEPAT DENGAN GPU
Teknik pemrograman unit pemrosesan grafis (GPU) modern diterapkan untuk mempercepat simulasi kinerja antena GPS yang dipasang pada mobil self-driving di lingkungan praktis dengan metode momen (MoM) dan teknik hibrida fisik optik (PO). Untuk memanfaatkan akselerasi GPU, bagian MoM, tracing ray, perhi.....
TARTAN: MENGEVALUASI MODERN GPU INTERCONNECT MELALUI SUITE BENCHMARK-MULTI-GPU
Komputasi multi-GPU berkinerja tinggi menjadi tren yang tak terhindarkan karena permintaan yang semakin meningkat pada kemampuan komputasi dalam domain yang muncul seperti pembelajaran yang mendalam, data besar dan aplikasi skala planet. Namun, kurangnya pemahaman mendalam tentang bagaimana GPU mode.....
KEBISINGAN VOLTAGE GPU: KARAKTERISASI DAN PEMOTRETAN HIERARCHIS TERHADAP GANGGUAN KEBISINGAN SPATIAL DAN TEMPORAL DALAM ARSITEKTUR GPU
Efisiensi energi tidak diragukan lagi penting untuk arsitektur GPU. Selain teknik optimalisasi efisiensi energi yang dieksplorasi secara tradisional, mengeksploitasi pita tegangan suplai tetap merupakan peluang yang menjanjikan namun belum dijelajahi. Pengukuran perangkat keras kami menunjukkan bahw.....
GCMR: KERANGKA KERJA MAPREDUCE BERBASIS CLUSTER GPU UNTUK PENGOLAHAN DATA SKALA BESAR
MapReduce adalah model pemrograman yang sangat populer untuk mendukung pemrosesan data skala besar yang paralel dan didistribusikan. Ada banyak upaya untuk mengimplementasikan model ini pada sistem berbasis komoditas GPU. Namun, sebagian besar implementasi ini hanya dapat bekerja pada satu GPU. Dan .....
KACA PELACAKAN MATA RENDAH BIAYA DENGAN KOMPENSASI ROTASI KEPALA WAKTU NYATA
Saat ini menangkap gambar bola mata dengan kamera dan memperkirakan titik pandangan menggunakan posisi murid adalah metode yang paling umum untuk perangkat pelacakan mata. Peralatan pelacakan mata yang dipasang di kepala memiliki berbagai aplikasi karena fleksibilitas dan akurasi estimasi tatapannya.....
SCALEGPU: ARSITEKTUR GPU UNTUK MEMORY-UNAWARE GPU PROGRAMMING
Memori GPU yang dikelola oleh pemrogram merupakan tantangan utama dalam menulis aplikasi GPU. Pemrogram harus menulis ulang dan mengoptimalkan kode yang ada untuk ukuran memori GPU yang berbeda untuk portabilitas dan kinerja. Atau, mereka hanya dapat mencapai portabilitas dengan menonaktifkan memori.....
MULTIPLIKASI LAPANGAN PRIME TINGGI UNTUK GPU
Makalah ini menyajikan algoritma kinerja tinggi untuk perkalian modular pada unit pemrosesan grafis (GPU) yang diimplementasikan dalam assembler. Algoritme yang diusulkan melakukan multiplikasi bidang terbatas hingga bidang utama NIST ukuran 192, 224, 256 dan 384 bit. Termasuk adalah penjelasan rinc.....
REALISASI ALGORITMA SUPER-RESOLUSI AIRBORNE FORWARD-LOOKING RADAR BERDASARKAN BINGKAI GPU
Metode dekonvolusi adalah pendekatan yang efektif untuk mewujudkan resolusi lintas-tinggi radar pemindaian berkas nyata. Namun, waktu komputasi dari algoritma ini tidak dapat memenuhi persyaratan real-time dari pencitraan radar, yang merupakan batasan utama untuk menerapkan teknologi ini ke dalam ap.....
CUTENSOR-TUBAL: PERPUSTAKAAN GPU OPTIMAL UNTUK TENSOR RANK-TUBAL-RANK
Dalam makalah ini, kami mengoptimalkan perhitungan operasi tensor rendah-peringkat rendah tingkat ketiga pada GPU banyak-inti. Operasi Tensor adalah komputasi intensif dan studi yang ada mengoptimalkan operasi tersebut secara kasus per kasus, yang dapat menjadi tidak efisien dan rawan kesalahan. Kam.....
APLIKASI AGREGASI MULTILINK DAN PENIMBANGAN BEBAN DALAM SISTEM TRANSMISI VIDEO WAKTU NYATA WIRELESS
Dengan perkembangan teknologi, layanan video real-time telah banyak digunakan. Namun, teknologi komunikasi nirkabel saat ini memiliki kemampuan transmisi yang tidak memadai untuk memenuhi transmisi real-time video definisi tinggi dalam semua situasi, yang membatasi pengembangan layanan. Untuk mengat.....
PLATFORM TERPADU UNTUK PEMANTAUAN LANJUTAN ANAK DENGAN CARDIAC ARRHYTHMIAS TERGANGGU
Anak-anak dengan aritmia jantung merupakan salah satu masalah yang paling sulit dalam kardiologi baik dalam hal diagnosis dan manajemen. Dalam beberapa kasus, pemantauan terus-menerus terhadap tanda-tanda vital EKG dan kondisi lingkungan dapat secara signifikan meningkatkan identifikasi kemungkinan .....
EVALUASI THOROUGH DARI LOAD MEMORI YANG BERBAGI GPU DAN INSTRUKSI TOKO
Pekerjaan ini berfokus pada pengukuran jumlah siklus clock GPU yang diperlukan untuk mengeksekusi instruksi load / store baik dalam konflik bank maupun pola akses memori bersama yang bebas konflik bank. Untuk tujuan ini, sejumlah parameter yang bervariasi telah dipertimbangkan dalam percobaan, terma.....
Cari atau Lihat dokumen yang lain..